Autore del volume Johann Sebastian Bach. Lo specchio di Dio e il segreto dell’immagine riflessa, prefazione di Ramin Bahrami, Firenze, Polistampa Editore, 2012; ideatore del World Bach-Fest (2012) insieme al pianista Ramin Bahrami, guest star, con il quale ha eseguito i Concerti per pianoforte e orchestra BWV 1052, 1054, 1056 (10.000 persone in tre giorni, e 50.000 contatti in rete). Ha realizzato una versione strumentale per 14 strumenti degli ultimi due brani della Matthäus Passion BWV 244. Ha curato la mostra Johann Sebastian Bach tra arte fede e scienza promossa dall’Università degli Studi e dal Comune di Teramo (Museo Archeologico di Teramo). Ha riportato alla luce in epoca moderna L’Arte della fuga BWV 1080 in versione integrale con il corale Vor deinen Thron BWV 668a per orchestra d’archi e coro misto, eseguito in prima assoluta nel 2013 alla Basilica di Santa Croce di Firenze (2.000 persone) e poi portata in varie carceri italiane come dono ai detenuti (15.000 visualizzazioni su YouTube). Ha fondato e presiede l’Associazione Onlus “La Pasqua di Bach”, il cui Presidente onorario è il Cardinale Giuseppe Betori, Arcivescovo di Firenze. Finalità associative: 1) musica e liturgia; 2) musica e carceri. Con il Coro e l’Orchestra del Maggio Musicale Fiorentino, Mario Ruffini ha diretto alla Basilica di San Lorenzo la Messa in Si minore BWV 232, realizzata per la prima volta in epoca moderna in contesto liturgico, presieduta dal Cardinale Betori. Ha partecipato al progetto dedicato ai Vierzehn Kanons BWV 1087 (Catania 2014) con una trascrizione orchestrale del tredicesimo canone per dodici archi (Suvini Zerboni). Ha ideato e realizzato a Firenze Bach on Black nel Salone dei Cinquecento di Palazzo Vecchio (2015), con una maratona di 11 ore alla quale hanno assistito ben 8.000 persone; la prima esecuzione live notturna dell’integrale del Clavicembalo ben temperato, con 24 studenti di sei diversi Conservatori italiani; nel 2016 ha portato Bach nella Casa Circondariale di Sollicciano e nel 2017 una Maratona Bach nel Salone dei Cinquecento di Palazzo Vecchio. Mario Ruffini ha diretto più volte e in diverse circostanze l’integrale dei Concerti di Bach ed è stato titolare della rubrica settimanale Bach e la Bibbia dal 2015 al 2018 presso il settimanale «Toscana Oggi», arrivando a scrivere 170 articoli, nel corso dei quali ha ripercorso l’intera vicenda artistica di Bach.